Los orígenes de LBF hay que buscarlos en 1970, cuando el benedictino Juan José Agirre se hizo cargo de la biblioteca del monasterio de los Benedictinos de Lazkao. Aprendió el oficio en la biblioteca de Montserrat, regresó a Lazkao con todo el bagaje de lo visto y aprendido allí. Organizó y catalogó la biblioteca, y la amplió con nuevos libros y revistas; creó también una nueva sección, la Biblioteca Vasca. No sólo eso, comenzó a recopilar un tipo de fondos que por aquel entonces el resto de bibliotecas y archivos no guardaban, ya fuera por su peculiar formato (panfletos, carteles, pegatinas…) o por haber aparecido en el exilio o en la clandestinidad. El objetivo de Agirre era crear un gran archivo de tema vasco.
Y a ello se dedicó durante más de cuatro décadas, ayudado por la amplia red de voluntarios que creó a su alrededor para la recogida de material. Organizar y describir lo que iba recibiendo, abrir las puertas a los investigadores… Agirre contribuyó a salvar una parte importante del patrimonio documental vasco, y ello le supuso el reconocimiento de las instituciones y de la sociedad.